Vergiftiging van de zwart peperboompje komt het meest waarschijnlijk voor door onbedoelde inname van een deel van de plant of door fysiek contact met het sap of de bladeren. De schors, het sap en de bessen zijn de meest giftige delen, maar het eten van een deel van de plant kan leiden tot de dood of ernstige ziekte. Symptomen van vergiftiging door het eten van de plant kunnen zijn: een branderig gevoel in de mond, dorst, zwelling van de tong en lippen, moeite met slikken, misselijkheid, braken, zwakte, bloederige diarree, lethargie en coma. Contact met het sap of de bladeren kan leiden tot irritatie, zwelling en blaarvorming van de huid die tot een paar dagen aanhoudt.