Klein glaskruid kan een allergische reactie veroorzaken bij mensen die gevoelig zijn voor het stuifmeel. Mensen kunnen via de lucht aan het stuifmeel worden blootgesteld als het in de buurt is of bij het hanteren van de plant. Symptomen van een allergische reactie kunnen matig tot levensbedreigend zijn en kunnen zijn: jeukende keel en oren, hoesten, niezen, loopneus, verstopte neus, jeukende, tranende ogen, moeite met ademhalen en praten, astma-aanval, lage bloeddruk en anafylactische schok. Het stuifmeel kan ook eczeem of netelroos veroorzaken als het in contact komt met de huid van een allergisch persoon. Droog, winderig weer kan de kans op blootstelling aan het stuifmeel vergroten in gebieden waar de klein glaskruid groeit.