Рдест пронзённолистный от крепкого ползучего многолетнего корневища, периодически образующего круглые стебли длиной до 3 м. Подводные листья овальные и полупрозрачные, без стебля, длиной 20–115 мм и шириной 7–42 мм, сжимающие стебель (перфолатный), плоскую вершину и 5–12 жилок по обеим сторонам средней жилки. Они значительно различаются по цвету и могут быть ярко-зелеными, темно-зелеными, желтоватыми, оливковыми или коричневатыми. Незначительные цветы производятся в период с июня по сентябрь. Плоды 4 мм в поперечнике, оливкового цвета.